آیفون SE نسل دوم (که با نام‌های آیفون اس‌ای ۲ یا آیفون اس‌ای ۲۰۲۰ نیز شناخته می‌شود) یک تلفن هوشمند طراحی‌شده، توسعه‌یافته و به‌فروش‌رسیده توسط شرکت اپل است. این تلفن هوشمند، در کنار مدل‌های آیفون ۱۱ و آیفون ۱۱ پرو/پرو مکس، بخشی از نسل سیزدهم تلفن همراه آیفون است. آیفون اس‌ای که در ۱۵ آوریل ۲۰۲۰ رونمایی شد. به‌طور مستقیم جایگزین سری آیفون ۸ شد و همزمان جایگزینی جدید برای مدل کوچک‌تر و سبک‌تر آیفون اس‌ای نسل اول نیز بود. پیش‌فروش این تلفن همراه در ۱۷ آوریل ۲۰۲۰ آغاز شد و خود دستگاه نیز متعاقباً در ۲۴ آوریل ۲۰۲۰ به بازار عرضه شد. نسل دوم آیفون اس‌ای با قیمت پایه ۳۹۹ دلار عرضه شد و به‌عنوان یک تلفن همراه اقتصادی در نظر گرفته‌شد.

آیفون SE نسل دوم، با پیروی از الگوی پدیدار شده توسط نسل اول آیفون اس‌ای (که دارای ابعاد و شکل ظاهری مدل قدیمی‌تر ۵اس و سخت‌افزار داخلی مدل ۶اس بود)، از ابعاد و شکل ظاهری آیفون، و سخت‌افزار داخلی گزینش‌شدهٔ سری آیفون ۱۱ بهره‌مند است که شامل سیستم روی یک تراشه اپل ای۱۳ (که با سیستم روی یک تراشه اپل ای۱۱ مورد استفاده در سری آیفون ۸ متفاوت است) نیز می‌شود.

تولید نسل دوم آیفون اس‌ای در تاریخ ۸ مارس ۲۰۲۲ و پس از رونمایی از جانشین آن، نسل سوم آیفون اس‌ای، متوقف شد.